醫(yī)院新聞
生殖醫(yī)學(xué)中心聯(lián)合北京大學(xué)利用多組學(xué)機(jī)器學(xué)習(xí)模型構(gòu)建微量元素的血-卵分布模型
近日,首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京朝陽醫(yī)院(以下簡稱朝陽醫(yī)院)生殖醫(yī)學(xué)中心與北京大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院和煙臺毓璜頂醫(yī)院合作研究的論文《利用機(jī)器學(xué)習(xí)構(gòu)建各種微量元素的血卵分布模型并探索轉(zhuǎn)運(yùn)相關(guān)通路》(Using Machine Learning to Construct the Blood-Follicle Distribution Models of Various Trace Elements and Explore the Transport-Related Pathways with Multiomics Data)發(fā)表在Environmental Science & Technology上。
朝陽醫(yī)院生殖醫(yī)學(xué)中心主任鹿群教授、北京大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院王斌教授和煙臺毓璜頂醫(yī)院副主任醫(yī)師莊麗麗為該論文的共同通訊作者,北京大學(xué)公共衛(wèi)生學(xué)院張國歡博士為論文的第一作者。
該研究納入來自北京市和山東省兩個(gè)生殖中心進(jìn)行體外受精-胚胎移植隊(duì)列的168名女性,對35種微量元素、代謝組學(xué)、脂質(zhì)組學(xué)、蛋白組學(xué)進(jìn)行檢測并分析。研究發(fā)現(xiàn)砷(As)、鎳(Ni)、錳(Mn)、錫(Sn)、鉍(Bi)五種微量元素在卵泡液中的濃度顯著高于血清濃度,在卵泡液中存在富集的現(xiàn)象(富集組元素)。銻(Sb)、鍺(Ge)、釹(Nd)、譜(Pr)、釤(Sm)、釔(Y)、汞(Hg)、釓(Gd)、鈷(Co)、釷(Th)、鑭(La)、鈾(U)、硒(Se)、肽(Ti)、鐵(Fe)十五種元素的卵泡液濃度顯著低于血清濃度,其從血液向卵泡液的傳輸過程可能受到限制(傳輸受限組元素)?!案患M元素”和“傳輸受限組元素”的傳輸效率(卵泡液濃度/血清濃度)總體上在各自組內(nèi)顯著正相關(guān),而在組間呈負(fù)相關(guān)。多組學(xué)分析表明,雌激素信號通路、糖代謝相關(guān)通路可能與上述元素的血-卵傳輸效率有關(guān)。通過整合多個(gè)生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫,構(gòu)建了微量元素的血-卵傳輸相關(guān)通路網(wǎng)絡(luò)圖,結(jié)果顯示富集組的元素與類固醇激素的生物合成及信號通路(卵巢內(nèi))、卵細(xì)胞成熟有關(guān)。最后,利用彈性網(wǎng)絡(luò)(ENET)、支持向量機(jī)(Support vector machine, SVM)、隨機(jī)森林(Random forest, RF)、極致梯度提升樹(Extreme gradient boosting tree, Xgbooting tree)四種機(jī)器學(xué)習(xí)算法建立了卵泡液中35種微量元素濃度的預(yù)測模型。結(jié)果表明:利用機(jī)器學(xué)習(xí)模型可以較好地預(yù)測卵泡液中的微量元素濃度,其中RF的預(yù)測結(jié)果最為準(zhǔn)確。
該文章較為全面地描述了多種微量元素的血-卵分布特征。采用多組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)了雌激素的合成及信號通路可能與微量元素的血-卵分布特征有關(guān)。使用機(jī)器學(xué)習(xí)模型預(yù)測了卵泡液中多種微量元素濃度,從而提供了一種低侵入性的暴露評估方法。該研究結(jié)果以女性生殖健康的角度,可促進(jìn)多種微量元素的環(huán)境暴露風(fēng)險(xiǎn)評估。
生殖醫(yī)學(xué)中心 宋字儀